Det är det 23e århundradet. Federationens stjärnskepp U.S.S. Enterprise är ute på ett träningsuppdrag och amiral James T. Kirk (William Shatner) tycks ha förlikat sig med tanken på att detta mycket väl kan vara hans sista uppdragh i karriären. Men Khan är tillbaka. Med hjälp av en liga genetiska övermänniskor på landsflykt har Khan (Ricardo Monatalban), en fascinerande överlöpare från 1900 talets jorden, anfallit rymdstationen Regula One